Územie je mimoriadne bohaté na vodu. Okrem Dunaja a Malého Dunaja tu nachádzame aj sústavu mŕtvych ramien, meandrov a typický pre toto územie je aj výskyt močiarov a slatín. Na Dunaji medzi obcami Čuňovo (časť Bratislavy) a Sap bolo vybudované vodné dielo Gabčíkovo, ktoré presmerovalo časť dunajských vôd zo starého koryta derivačným kanálom na hydrocentrálu. Tzv. Hrušovská zdrž má dĺžku približne 16 km a šírku v rozpätí 1 - 4 km. V dunajských usadeninách na Žitnom ostrove sa nachádzajú neustále sa obnovujúce zásoby kvalitnej pitnej vody. Z tohoto dôvodu bolo územie Žitného ostrova v roku 1978 vyhlásené za Chránenú vodohospodársku oblasť so zásobami vôd stredoeurópskeho významu. Vo väčších hĺbkach sa nachádzajú geotermálne vody. Tieto vody majú zvýšený obsah rozpustných minerálnych látok. Vďaka týmto vlastnostiam majú aj liečivé účinky, priaznivo pôsobia na reumatické ochorenia. Môžu sa využívať na rozličné účely, vrátane rekreačných - termálne kúpaliská. Na území sa hojne vyskytujú otvorené vodné plochy, ktoré vznikli vyťažením štrkopieskov.